في الآونة الأخيرة ، اكتشفت شيئًا رائعًا!العديد من محترفي التجارب المتقدمة من حوله لا يعرفون حتى بعض نقاط المعرفة التجريبية الأساسية.

على سبيل المثال ، هل يمكنك الإجابة على الأسئلة التالية؟

هل هناك فرق بين OD260 و A260؟ماذا يعني كل منهما؟
OD هو اختصار للكثافة الضوئية (الكثافة الضوئية) ، A هو اختصار للامتصاصية (الامتصاصية) ، المفهومان متماثلان في الواقع ، "الكثافة الضوئية" هي "الامتصاص" ، لكن "الكثافة الضوئية" تتماشى مع معظم المعايير الوطنية وأكثر توحيدًا.

عادة ما نقيس قيمة OD عند 260 نانومتر لحساب تركيز الحمض النووي ، فماذا يمثل 1OD؟
يحتوي الحمض النووي على ذروة امتصاص قصوى بطول موجة يبلغ 260 نانومتر ، والتي تحتوي على كل من الحمض النووي والحمض النووي الريبي ، بالإضافة إلى شظايا الحمض النووي المجزأة (هذه هي النقطة الأساسية).
تم تسجيل قيمة OD المقاسة بطول موجة 260 نانومتر كـ OD260.إذا كانت العينة نقية ، يمكن لقيمة OD260 حساب تركيز عينة الحمض النووي.
1 OD260 = 50 ميكروغرام / مل dsDNA (DNA مزدوج الشريطة)
= 37 ميكروغرام / مل ssDNA (DNA وحيد الجديلة)
= 40 ميكروغرام / مل من الحمض النووي الريبي
= 30 ميكروغرام / مل dNTPs (قليل النوكليوتيدات)
هل هناك أي اتصال أو اختلاف بين RT-PCR و Realtime-PCR و QPCR؟
RT-PCR هو اختصار لـ Reverse Transcription PCR
الوقت الحقيقي PCR = qPCR ، اختصار لـ PCR في الوقت الحقيقي الكمي
على الرغم من أن Real Time PCR (PCR الكمي الفلوري في الوقت الحقيقي) و Reverse Transcription PCR (النسخ العكسي PCR) يبدو أنهما يختصران على أنهما RT-PCR.لكن الاتفاقية الدولية هي: RT-PCR يشير تحديدًا إلى النسخ العكسي PCR.

ما هي nt و bp و kb شائعة الاستخدام لوصف طول DNA / RNA في علم الأحياء؟
nt = نوكليوتيدات
bp = زوج قاعدة زوج القاعدة
كيلو بايت = كيلو بيس

بالطبع ، قد تقول إن الكثير من الناس لا يهتمون بهذه التفاصيل الصغيرة!الجميع يفعل هذا ، ولن يسألك أحد ما هو.أنت تعلم أن هذا غير ضروري ، أليس كذلك؟

لا ، لا ، لا ، من الضروري جدًا معرفة ذلك!لأن الذي؟
لأنك تريد نشر مقال!أخ!سواء كنت تهدف إلى التخرج أو تسعى وراء إنجازات البحث العلمي ، يجب أن تعتمد على المقالات للتحدث!

يجب أن يكون استخراج الحمض النووي أبسط التجارب وأكثرها أساسية.تحدد جودة استخراج الحمض النووي نتائج التجارب اللاحقة بشكل مباشر.

على الرغم من أنني قلت ذلك عدة مرات ، لا يزال هناك العديد من الأصدقاء الذين لا يهتمون.هذه المرة قررت الخروج من المقال!

الحد الأدنى من المعلومات لنشر تجارب PCR الكمية في الوقت الفعلي ، والمشار إليها باسم MIQE، عبارة عن مجموعة من إرشادات التجربة الكمية الفلورية التي تم إطلاقها دوليًا ، والتي تقترح معايير دنيا للمعلومات التجريبية اللازمة لتقييم تجارب PCR الكمي للضوء ونشر المقالات.من خلال الشروط التجريبية وطرق التحليل التي يوفرها المجرب ، يمكن للمراجعين تقييم صحة المخطط التجريبي للباحث بشكل أفضل.

يمكن ملاحظة أنه في قسم استخلاص الحمض النووي ، تم اقتراح عناصر الكشف التالية ،

يشير الحرف "E" إلى المعلومات التي يجب تقديمها ويشير الحرف "D" إلى المعلومات التي يجب تقديمها إذا لزم الأمر.

النموذج معقد للغاية ، في الواقع ، أريد أن أقول إن كل شخص يجب أن يبدأ منه

النقاء (D) ​​، العائد (D) ، التكامل (E) والاتساق (E) لتقييم الأحماض النووية في هذه الجوانب الأربعة.

وفقًا للعادات التجريبية ، تحدث أولاً عن طرق تقييم النقاء والتركيز.

قياس OD هو أسلوب الكشف المفضل والأسهل للمُجربين.بالنسبة للمبدأ ، لن أخوض في التفاصيل هنا.تستخدم العديد من المعامل الآن أجهزة قياس الطيف الضوئي فائقة الصغر لتحليل عينات الحمض النووي بشكل كمي.أثناء عرض قيمة الامتصاص ، يعطي البرنامج مباشرةً قيمة التركيز (الحمض النووي والبروتين وصبغة الفلورسنت) والنسب ذات الصلة.بالنسبة لتحليل قيمة OD ، احفظ هذه الصورة وستكون بخير.

قائمة حلول قيمة التطوير العالمي

ومع ذلك ، هناك بعض المحاذير التي يجب إبرازها بشكل منفصل لك.

(بعد كل شيء ، أعلم أنك يجب أن تكون من يدخر وينتظر حتى تحتاجه!)

ملاحظة 1 المعدات

ستتأثر قيمة OD بمعدات مختلفة.طالما أن OD260 ضمن نطاق معين ، فإن قيم OD230 و OD280 تكون ذات معنى.على سبيل المثال ، نطاق الامتصاص لـ Eppendorf D30 المشترك عند 260 نانومتر هو 0 ~ 3A ، و NanoDrop One من Thermo عند 260 نانومتر.نطاق الامتصاص 0.5 ~ 62.5A.

ملاحظة 2كاشف التخفيف

يمكن أن تتأثر قيمة OD بتخفيف الكواشف المختلفة.على سبيل المثال ، قراءة OD260 / 280 للحمض النووي الريبي المنقى في الرقم الهيدروجيني7.5 10 م تريسالمخزن المؤقت بين 1.9-2.1 ، بينما فيمحلول مائي محايدستكون النسبة أقل ، ربما 1.8-2.0 فقط ، لكن هذا لا يعني أن جودة الحمض النووي الريبي تغير الفرق.

ملاحظة 3المواد المتبقية

سيؤثر وجود المواد المتبقية على دقة قياس تركيز الحمض النووي ، لذلك من الضروري تجنب مخلفات البروتين والفينول وعديد السكاريد والبوليفينول في عينات الحمض النووي قدر الإمكان.

ومع ذلك ، في الواقع ، يعد الاستخراج باستخدام الكواشف العضوية طريقة قديمة.في المجموعات التجارية ، يمكن تحقيق تأثير الاستخراج من خلال عمود الامتزاز القائم على السيليكا جنبًا إلى جنب مع الطرد المركزي ، وتجنب الكواشف العضوية السامة والضارة التي يصعب إزالتها ، وما إلى ذلك. المشكلة ، مثلمجموعة استخراج الحمض النووي من Foregene ، لا تستخدم DNase / RNase والكواشف العضوية السامة طوال العملية ، سريعة وآمنة, و الالتأثيرجيد(قال بالصدفة إنه أصلع ، لكنني أعلم أنك تريد أن تعرف).

مثال 1: عائد استخراج الحمض النووي الجيني ونقاوته

تعالج مجموعة عزل الحمض النووي للتربة (DE-05511) عينات التربة من مصادر مختلفة ، ويوضح الجدول التالي كمية ونقاء الحمض النووي الجيني الذي تم الحصول عليه:
مثال 2: عائد استخراج أنسجة الحمض النووي الريبي والنقاء

عالجت مجموعة عزل الحمض النووي الريبي (RE-03012) عينات الأنسجة المختلفة ، ويظهر في الجدول أدناه كمية ونقاء الحمض النووي الريبي الذي تم الحصول عليه (لأنسجة الفأر):
ومع ذلك ، لا تعتقد أنك انتهيت من قيمة OD.هل لديك أي اهتمام بالنقاط الأساسية التي رسمتها لك في المقدمة؟

يلاحظ

سيتم أيضًا حساب جزيئات الحمض النووي المجزأة في الامتصاص.بافتراض أن لديك بقايا الحمض النووي الجينومي في الحمض النووي الريبي ، ستبدو قيمة OD مرتفعة جدًا ، لكن لا يمكن تحديد التركيز الفعلي للحمض النووي الريبي.ما إذا كان RNA الخاص بك ليس واضحًا ما إذا كان هناك تدهور ، لذلك ما زلنا بحاجة إلى طريقة تقييم شاملة لإعطاء حكم أكثر دقة ، أي تقييم سلامة الحمض النووي المذكور في MIQE.